Mario Huber ist in Innsbruck geboren und hat auch beim HCI das Eishockey-Handwerk gelernt. Bereits als 17-Jähriger debütierte er mit den Tirolern in der Erste Bank Eishockey Liga und absolvierte in der Folge 137 Bundesligaspiele, unterbrochen von der Saison 2015/16, in der er ein Jahr in der QMJHL bei den Victoriaville Tigres einlegte.
2017 wechselte er schließlich nach Salzburg, wo er bis heute spielt und sich in den letzten Jahren immer mehr zu einem Führungsspieler entwickelt. In der letzten Saison legte der Vater eines Sohnes mit 25 Toren und 27 Assists die bislang beste Performance seiner Karriere hin.